Clase 13

class: title-slide, center, middle
background-image: url(https://images.unsplash.com/photo-1485254767195-60704c46702e?ixid=MnwxMjA3fDB8MHxwaG90by1wYWdlfHx8fGVufDB8fHx8&ixlib=rb-1.2.1&auto=format&fit=crop&w=1051&q=80)
background-size: cover

# <span style=" font-weight: bold;    color: white !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #1d3557 !important;font-size: 60px;" >Git, GitHub y Zenodo</span>

<br>
<h2><span style=" font-weight: bold;    color: white !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #264653 !important;" >Miriam Lerma</span></h2>

<h3><span style=" font-weight: bold;    color: white !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #0A121F !important;" >Abril 2021</span></h3>

---

# Intro

- [Git](#git)
- [Github](#github)
- [Zenodo](#zenodo)
- [Git+Github](#git_github)

### Ustedes
- Quieren usar sistema de control de versiones
- Quieren subir su repositorio a github
- Quieren saber como agregarle un doi a sus materiales

### Responder en el chat 💬
- Han escuchado que es un sistema de control de versiones?
- Como mantienen controles de cambios en sus documentos?
- Cuantos tienen cuenta de usuario en github?
- Alguien ha usado zenodo?

---

## Créditos & Recursos

- Happy git:    
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M542.22 32.05c-54.8 3.11-163.72 14.43-230.96 55.59-4.64 2.84-7.27 7.89-7.27 13.17v363.87c0 11.55 12.63 18.85 23.28 13.49 69.18-34.82 169.23-44.32 218.7-46.92 16.89-.89 30.02-14.43 30.02-30.66V62.75c.01-17.71-15.35-31.74-33.77-30.7zM264.73 87.64C197.5 46.48 88.58 35.17 33.78 32.05 15.36 31.01 0 45.04 0 62.75V400.6c0 16.24 13.13 29.78 30.02 30.66 49.49 2.6 149.59 12.11 218.77 46.95 10.62 5.35 23.21-1.94 23.21-13.46V100.63c0-5.29-2.62-10.14-7.27-12.99z"/></svg> Happy Git by Jennifer Bryan](https://happygitwithr.com/)<br>

- Tutoriales en español  
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M549.655 124.083c-6.281-23.65-24.787-42.276-48.284-48.597C458.781 64 288 64 288 64S117.22 64 74.629 75.486c-23.497 6.322-42.003 24.947-48.284 48.597-11.412 42.867-11.412 132.305-11.412 132.305s0 89.438 11.412 132.305c6.281 23.65 24.787 41.5 48.284 47.821C117.22 448 288 448 288 448s170.78 0 213.371-11.486c23.497-6.321 42.003-24.171 48.284-47.821 11.412-42.867 11.412-132.305 11.412-132.305s0-89.438-11.412-132.305zm-317.51 213.508V175.185l142.739 81.205-142.739 81.201z"/></svg> RLadiesChile](https://vimeo.com/rladieschile)<br>
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M549.655 124.083c-6.281-23.65-24.787-42.276-48.284-48.597C458.781 64 288 64 288 64S117.22 64 74.629 75.486c-23.497 6.322-42.003 24.947-48.284 48.597-11.412 42.867-11.412 132.305-11.412 132.305s0 89.438 11.412 132.305c6.281 23.65 24.787 41.5 48.284 47.821C117.22 448 288 448 288 448s170.78 0 213.371-11.486c23.497-6.321 42.003-24.171 48.284-47.821 11.412-42.867 11.412-132.305 11.412-132.305s0-89.438-11.412-132.305zm-317.51 213.508V175.185l142.739 81.205-142.739 81.201z"/></svg> RLadiesBuenosAires](https://www.youtube.com/watch?v=33pZ9dtc-Co)<br>

- Tutoriales en ingles  
[<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M549.655 124.083c-6.281-23.65-24.787-42.276-48.284-48.597C458.781 64 288 64 288 64S117.22 64 74.629 75.486c-23.497 6.322-42.003 24.947-48.284 48.597-11.412 42.867-11.412 132.305-11.412 132.305s0 89.438 11.412 132.305c6.281 23.65 24.787 41.5 48.284 47.821C117.22 448 288 448 288 448s170.78 0 213.371-11.486c23.497-6.321 42.003-24.171 48.284-47.821 11.412-42.867 11.412-132.305 11.412-132.305s0-89.438-11.412-132.305zm-317.51 213.508V175.185l142.739 81.205-142.739 81.201z"/></svg> RLadiesFreiburg](https://www.youtube.com/watch?v=tSse0KPgSoQ&t=1s)
- Imagen de portada
[Unsplash by Joel Filip](https://unsplash.com/@joelfilip)

---
name: git
class: center, middle, inverse

# 1. Git

---

## 1.2. Porque usar Git

**Git** es un software de **control de versiones** (VCS-Version control system).

- Usar **control de versiones** te permite modificar tu codigo teniendo un respaldo en una red segura.

- Esto te permite tender un historial de los cambios que has hecho en tu **repositorio** y poder volver a archivos antiguos.

---

## 1.2. Repositorio

Un **repositorio** es un lugar donde se almacenan los datos actualizados.

En un repositorio puede tener seguimiento de todos los cambios hechos a tu proyecto atraves del tiempo

Generalmente se guarda como **.git/** dentro de tu proyecto.

Lo que significa que si borras este **.git/** borras todo el historial de tu proyecto.

Tu repositorio puede estar solamente de manera local.

---

## 1.3. Repositorio

Existe la posibilidad de que ya tengan **Git** instalado (aunque es probablemente que deban actualizarlo)

Para revisar si ya lo tienen tienen que ir a la [**shell**](https://happygitwithr.com/shell.html#shell) y escribir

```r
which git
git --version
```

Hay que instalarlo si les aparece

```r
git: command not found
```

---

## 1.3. Instalación

- Git fue desarrollado para programadores, no para investigadores por lo que puede ser poco intuitivo

- Una **desventaja** es que instalación varía mucho entre computadoras
- La **ventaja** es que solo se debe instalar una vez

---

- Para descargar:<br>
Pagina [git](https://git-scm.com/)

- Para instalar git:<br>
[Windows](https://happygitwithr.com/install-git.html#install-git-windows)<br>
[macOS](https://happygitwithr.com/install-git.html#macos)<br>
[Linux](https://happygitwithr.com/install-git.html#linux)

---

## 1.4. Ejercicios

1 Revisar ✏️

- Abrir Tool>Shell
- Escribir

```r
which git
git --version
```

2 Responder en el chat 💬
- Quien ya tiene instalado git?
- Que version tienen instalada?

---
name: github
class: center, middle, inverse

# 2. Github

---

## 2.1. Porque usar Github

- Te permite tener un respaldo de tu proyecto
- Te permite colaborar con diferentes personas
- Facilita el trabajo remoto

---

## 2.1. Que es GitHub

[Github](https://github.com/): es una plataforma para alojar proyectos utilizando el sistema de control de versiones. <br>

**Nota** En 2018 Microsoft compro la plataforma github, por lo que muchas personas dejaron de utilizarla.
Hay muchas otras opciones para alojar repositorios.<br>
Por ejemplo: [gitlab](https://about.gitlab.com/)
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/gitlab.png" height="80" style="display: block; margin: auto;" />

Ver Comparación [Github o Gitlab](https://rachelcarmena.github.io/2018/12/12/how-to-teach-git.html)

---

## 2.2. Registrarse

Para usar github hay que ingresar a la página [Github](https://github.com/) <br>

---

## 2.3. Usuario

Para usar github hay que registrarse <br>
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Github2.png" height="300" style="display: block; margin: auto;" />

**Recomendaciones**
- Usa tu nombre de las publicaciones, sera más fácil que las personas encuentren o confíen en tu repositorio.
- Elije un nombre con el que te sientas cómodo de trabajar en el futuro
- Nombres cortos son mejores que nombres largos
- Se recomienda que utilices todas las letras en minúsculas y para separar usa _ o -
[Más recomendaciones](https://happygitwithr.com/github-acct.html)

---

## 2.4. Repositorio

Hay varias maneras de crear un repositorio, una de ellas usar el símbolo de **+** junto a nuestra foto.

---

## 2.5. Repositorio

Hay que darle un nombre de nuestro repositorio, una descripción, si es público o privado y otras opciones. Por ahora podemos usar **Prueba** como nombre del repositorio y **Publico**

---

## 2.6. Repositorio

- Les va a aparecer una serie de instrucciones, que por el momento puede que no les sean útiles. Las dejaremos para más tarde.

- Por ahora pueden subir materiales de manera manual usando **uploading an existing file**

---

## 2.7. Repositorio

Ya pueden subir archivos desde su computadora.  
Hay que llenar los espacios de **commit changes**. Por ahora podrían poner algo como **Prueba de repositorio** y **Agregue mi primer archivo Rmd**.

**Listo** ya creaste tu primer repositorio!

---

## 2.8. Ejercicios

Github ✏️
- Inscribirse a github
- Crear primer repositorio

Preguntas 💬
- Quien ya tiene usuario de github?
- Quien ya tiene su primer repositorio?

---
name: zenodo
class: center, middle, inverse

# 3. Zenodo

---

## 3. Zenodo

Muchas revistas solicitan incluir datos o código en las publicaciones.

Por ejemplo: 
- [**Frontiers**](https://www.frontiersin.org/about/policies-and-publication-ethics) requiere que los autores tengan disponibles todos los datos relevantes para las conclusiones del manuscrito. <br>
Todos los datos deben estar públicamente disponibles y ser citados de acuerdo a sus reglamentos.

- [**PLOS ONE**](https://journals.plos.org/plosone/s/submission-guidelines#loc-data-reporting) requiere que los autores agreguen una sección que redirija al repositorio publico donde están accesibles los datos, o que los datos sean parte del articulo. <br>

**Recomendación** No incluyan los datos en la publicación (por motivos de licencia), es mejor tenerlos en un repositorio.

---

## 3.1. Zenodo
<img src="https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/0f/Zenodo_logo.jpg" height="50" style="display: block; margin: auto;" />

[Zenodo](https://zenodo.org/) es un repositorio de acceso abierto operado por CERN (Organización Europea para la Investigación Nuclear).
Permite que se depositen allí artículos de investigación, datos, software, informes y otro tipo de objeto digital relacionado con la investigación. La ventaja frente a github es que asigna un **DOI**.

Un DOI es un identificador de objeto digital y es un enlace permanente en forma de código alfanumérico que identifica de forma única el contenido electrónico. Por lo que te permite **proteger el contenido intelectual**

Zenodo recienmente se asocio con [Dryad](https://datadryad.org/stash/) (otro repositorio que asigna DOI)

---

## 3.2. Ingresar

Para usar zenodo, hay que ingresar a la pagina [Zenodo](https://zenodo.org/)

---

## 3.3. Registrarse

Esta plataforma es gratuita. Para registrarse, si tienen github es bastante sencillo, solo hace falta ingresar su cuenta.

---

## 3.4. En Zenodo

Para asignar un **DOI** a su repositorio.

- Darle click a tu nombre
- En la parte de settings elegir GitHub
- Los repositorios de github aparecen con un **switch** para elegir el repositorio que nos interesa. Mover de **off** a **on** para elegir el repositorio de interés.

---

## 3.5. En Github

Para asignar un **DOI** a su repositorio.

- Abrir el repositorio
- Elegir el engrane donde dice settings
- Elegir new release

[semantic versioning](https://semver.org/)

---

## 3.6. En Zenodo

Al volver a zenodo.

Ahora aparecera un identificador DOI: 
[![DOI](https://zenodo.org/badge/354821022.svg)](https://zenodo.org/badge/latestdoi/354821022)

--- 
**Para citarlo**  
Lerma, M (2021). Paquete sula (Version v1.0). Zenodo. 
https://doi.org/10.5281/zenodo.4682898

**Para agregarlo al articulo**  
Data accesibility: Dataset to reproduce the analyses and scripts are freely available at zenodo (https://doi.org/10.5281/zenodo.4682898).

---

# 3. Ejercicios 
<h1><svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#FFFFFF;overflow:visible;position:relative;"><path d="M497.9 142.1l-46.1 46.1c-4.7 4.7-12.3 4.7-17 0l-111-111c-4.7-4.7-4.7-12.3 0-17l46.1-46.1c18.7-18.7 49.1-18.7 67.9 0l60.1 60.1c18.8 18.7 18.8 49.1 0 67.9zM284.2 99.8L21.6 362.4.4 483.9c-2.9 16.4 11.4 30.6 27.8 27.8l121.5-21.3 262.6-262.6c4.7-4.7 4.7-12.3 0-17l-111-111c-4.8-4.7-12.4-4.7-17.1 0zM124.1 339.9c-5.5-5.5-5.5-14.3 0-19.8l154-154c5.5-5.5 14.3-5.5 19.8 0s5.5 14.3 0 19.8l-154 154c-5.5 5.5-14.3 5.5-19.8 0zM88 424h48v36.3l-64.5 11.3-31.1-31.1L51.7 376H88v48z"/></svg></h1>

---

## 3.1. Ejercicios

En equipo 💃🏽👯 
- Escribir código en Rmd para analizar datos de pingüinos. 
- Subir Rmd a github

**Instrucciones** a incluir en el Rmd:
- Como cargar datos de pingüinos y filtrar con solo datos de Adelia
- Como crear un modelo lineal con masa corporal y longitud de la aleta
- Agregar tabla con resultados del modelo
- Agregar gráfica de masa corporal por longitud de la aleta <br>

**Nota** Piensen en alguien que no conocen replicando su análisis

---

# 4. Git+Github

---

## 4.1. Git

- Instalar git
- [Introduce yourself to git](https://happygitwithr.com/hello-git.html)

```r
git config --global user.name 'Mi nombre'
git config --global user.email 'micorreo@ejemplo.com'
git config --global --list
```
- Copiar code en github
- File>NewFile>VersionControl
- Pull
- Cambiar Readme
- Commit
- Push

---

## 4.2. Nuevo proyecto

Abrir nuevo proyecto

---

## 4.2. Version control

Elegir version control

---

## 4.3. Clonar

Copiar enlace de github

---

## 4.4. Repositorio

Pegar el enlace en RStudio
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git04.png" height="400" style="display: block; margin: auto;" />

---

## 4.5. Pestaña

Para confirmar que todo funciono, deben aparecer nuevas pestañas dentro de su RStudio

---

## 4.6. Pull

Podemos jalar todo lo de github usando **pull**

Nos confirma si tenemos todo en nuestro computadora
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git06-pull.png" height="200" style="display: block; margin: auto;" />

---

## 4.7. Stage y Commit

Hacer algunos cambios.  
Al hacer commit hay que ponerle un mensaje de los cambios más importantes que hicimos.

Esto nos servirá en el futuro si tenemos que regresar a un punto importante.

---

## 4.8. Push

Los cambios están locales, para que se refleje en github hay que empujarlo (**push**)
<img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Git09-push.png" height="300" style="display: block; margin: auto;" />

---

# 5. Control de versiones

Les recomiendo aprender más de como manejar repositorios.  
[Enlace](https://levelup.gitconnected.com/understanding-git-a-beginners-guide-containing-cheat-sheets-resources-b50c9c01a107)

Más recursos sobre control de versiones:
- [Que es control de versiones](https://www.atlassian.com/git/tutorials/what-is-version-control)
- [Rladies BuenosAires](https://github.com/rladies/meetup-presentations_buenosaires/blob/master/2019-09-14-Git_Rstudio/git_rstudio.pdf)
- [Entender control de versiones](https://rachelcarmena.github.io/2018/12/12/how-to-teach-git.html)

---

# Contacto

Recapitulando
- [Git](#git)
- [Github](#github)
- [Zenodo](#zenodo)
- [Git+Github](#git_github)

Para dudas, comentarios y sugerencias:  
- Escríbeme a miriamjlerma@gmail.com

.right[Este material esta accesible y se encuentra en <br>
mi [<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M432,320H400a16,16,0,0,0-16,16V448H64V128H208a16,16,0,0,0,16-16V80a16,16,0,0,0-16-16H48A48,48,0,0,0,0,112V464a48,48,0,0,0,48,48H400a48,48,0,0,0,48-48V336A16,16,0,0,0,432,320ZM488,0h-128c-21.37,0-32.05,25.91-17,41l35.73,35.73L135,320.37a24,24,0,0,0,0,34L157.67,377a24,24,0,0,0,34,0L435.28,133.32,471,169c15,15,41,4.5,41-17V24A24,24,0,0,0,488,0Z"/></svg>github](https://github.com/MiriamLL/Curso_CIAD/)
y mi [<svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;width:1em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M432,320H400a16,16,0,0,0-16,16V448H64V128H208a16,16,0,0,0,16-16V80a16,16,0,0,0-16-16H48A48,48,0,0,0,0,112V464a48,48,0,0,0,48,48H400a48,48,0,0,0,48-48V336A16,16,0,0,0,432,320ZM488,0h-128c-21.37,0-32.05,25.91-17,41l35.73,35.73L135,320.37a24,24,0,0,0,0,34L157.67,377a24,24,0,0,0,34,0L435.28,133.32,471,169c15,15,41,4.5,41-17V24A24,24,0,0,0,488,0Z"/></svg>página](https://www.miriam-lerma.com)

<h3><svg aria-hidden="true" role="img" viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;width:1.12em;vertical-align:-0.125em;margin-left:auto;margin-right:auto;font-size:inherit;fill:#74c69d;overflow:visible;position:relative;"><path d="M280.37 148.26L96 300.11V464a16 16 0 0 0 16 16l112.06-.29a16 16 0 0 0 15.92-16V368a16 16 0 0 1 16-16h64a16 16 0 0 1 16 16v95.64a16 16 0 0 0 16 16.05L464 480a16 16 0 0 0 16-16V300L295.67 148.26a12.19 12.19 0 0 0-15.3 0zM571.6 251.47L488 182.56V44.05a12 12 0 0 0-12-12h-56a12 12 0 0 0-12 12v72.61L318.47 43a48 48 0 0 0-61 0L4.34 251.47a12 12 0 0 0-1.6 16.9l25.5 31A12 12 0 0 0 45.15 301l235.22-193.74a12.19 12.19 0 0 1 15.3 0L530.9 301a12 12 0 0 0 16.9-1.6l25.5-31a12 12 0 0 0-1.7-16.93z"/></svg>[Volver ](https://www.miriam-lerma.com/teaching.html)
]]