class: title-slide, center, middle background-image: url(https://images.unsplash.com/photo-1587533042502-1209d3f2d891?ixid=MXwxMjA3fDB8MHxwaG90by1wYWdlfHx8fGVufDB8fHw%3D&ixlib=rb-1.2.1&auto=format&fit=crop&w=1548&q=80) background-size: cover # <span style=" font-weight: bold; color: #264653 !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #FFFFFF !important;font-size: 60px;" >Rmarkdown</span> # <span style=" font-weight: bold; color: #264653 !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #FFFFFF !important;font-size: 60px;" >para escribir artículos</span> <br> <h2><span style=" font-weight: bold; color: #264653 !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #FFFFFF !important;" >Miriam Lerma</span></h2> <h3><span style=" font-weight: bold; color: #264653 !important;border-radius: 4px; padding-right: 4px; padding-left: 4px; background-color: #FFFFFF !important;" >Abril 2021</span></h3> --- class: inverse # Intro - [Resultados en el texto](#inline) - [Bibliografía](#csl) - [Tablas de contenido](#tablas) - [Enlaces](#enlaces) - [Ecuaciones](#ecuaciones) - [Plantillas](#plantillas) -- ## Ustedes - Conocimientos básicos de Rmd - Quieren escribir su tesis o articulos en Rmd --- class: inverse ## Créditos & Recursos - Material de Rmarkdown. [
Rmarkdown por Resul Umit](https://resulumit.com/teaching/rmd_workshop#1) [
RMarkdown por RStudio](https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-2.html) [
Rmarkdown por Yihui Xie](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/) [Dissertation](https://ourcodingclub.github.io/tutorials/rmarkdown-dissertation/) Otros paquetes en Rmarkdown. - [Bookdown](https://bookdown.org/yihui/bookdown/) - [Posterdown](https://github.com/brentthorne/posterdown) - [Pagedown](https://github.com/brentthorne/pagedown) --- class: center, middle, inverse # Rmarkdown --- # 1. Rmarkdown - **Eficiente** Se puede escribir texto, enlaces, tablas, analisis Se pueden rehacer analisis y reduce las probilidades de equivocarse - **Flexible** Se puede exportar a varios formatos (pdf, word, html) - **Open access** El uso es gratis Se pueden crear contenidos accesibles a cualquiera con computadora o con internet --- # 1.2. Editor de texto La clase pasada vimos como escribir y editar texto en [Rmd](https://miriamll.github.io/Curso_CIAD/Rmd-Parte1)<br> Pero no tienen que extrañar su editor de texto... Al darle click al compás nos permite editar el texto usando botones.<br> Cuando le den click les va a aparecer un mensaje, pueden decirle ok. <br> Listo! Se puede editar similar a office.... y ademas te permite agregar imágenes. <img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Compas.png" height="380" /> --- name: inline # 1.3. Inline code Para los ejercicios necesitamos datos. Instalar paquete ```r remotes::install_github("cienciadedatos/datos") #Si usan install packages no descarga los datos de Pinguinos ``` Cargar datos ```r library(datos) library(tidyverse) Pingus<-datos::pinguinos Adelia<-Pingus%>%filter(especie=='Adelia') ``` --- # 1.3. Inline code Algunos resultados de nuestro código se puede incluir en el texto usando los backticks (tildes inversos) antes y después de {r} (para este caso solo se usa **una** tilde invertida).<br> Por ejemplo: <br> Podemos escribir esto en el texto. ```r Tenemos un total de `r nrow(Pingus)` muestras, de las cuales `r nrow(Adelia)` corresponden a los pinguinos de Adelia. ``` Y nos aparece esto: <br> Tenemos un total de 344 muestras, de las cuales 152 corresponden a los pinguinos de Adelia. --- # 1.4. Idioma Para cambiar el idioma se puede ir a: Tools>Project Options>Spelling>Main language **cambiar a Spanish** <img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Lenguage.JPG" height="400" /> --- # 1.5. Ortografía Se puede activar corrector de ortografía usando: Edit>Spellchecking>F7 Sin embargo, el corrector no es muy bueno 😒 <img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/Ortografia.JPG" height="400" /> --- name: csl # 1.6. Bibliografia <h4> Como citar? </h4> Para citar se usa el arroba (@) y el nombre que le demos a la cita<br> <h4> Para formatear las referencias </h4> Generalmente las revistas tienen un .csl (citation style language) que se puede descargar. <br> Lo único que necesitas hacer es agregar el csl a tu YAML.<br> Ejemplo: **csl: biomed-central.csl**<br> - [
Leer sobre csl](https://docs.citationstyles.org/en/1.0.1/primer.html)<br> - [
Estilos](https://github.com/citation-style-language/styles)<br> - [
Descargar desde zotero](https://www.zotero.org/styles )<br> - [
Desde ScienceDirect](https://rpubs.com/med11/referencias_rmarkdown)<br> --- # 1.6. Bibliografia Para editar formato de las referencias: - Para agregar italicas ```r {\it Especie sp.} ``` - Para agregar acentos ```r ó se escribe como {\'{o}} ``` Recursos: - [
Excluir referencias](https://rmarkdown.rstudio.com/authoring_bibliographies_and_citations.html)<br> --- ## 1.6.1. Bibliografía <h4> Para crear las referencias.</h4> Para agregar bibliografía tenemos que crear un archivo *.bib<br> Que se debe agregar al YAML. <br> Ejemplo: ```r --- title: "EjercicioPrueba" author: "MiriamL" date: "29/3/2021" output: word_document bibliography: El_nombre_de_tu_archivo.bib --- ``` --- ## 1.6.1. Bibliografia Para crear el archivo bib dentro de RStudio puedes ir a <br> File>NewFile>Text File Y guardarlo como Bibliografia.bib <br> En el **mismo lugar** donde guardaste tu Rmd <br> La bibliografía regularmente aparece al final de tu documento <br> Por esto, te recomiendo agregar un titulo al final que diga: **Referencias** --- ## 1.6.2. Mendeley Para obtener las referencias en formato bib.<br> Desde Mendeley software<br> Click derecho>Copy as>BibTex Entry <img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/MendeleyBib.png" height="400" /> --- ## 1.6.3. Zotero Para obtener las referencias en formato bib.<br> Desde Zotero<br> File>Export Library<br> _Otra opción_ es cambiar Preferences>Export>Defatult>Bibtek y se puede arrastrar la bibliografia directo a tu documento bib en RStudio<br> <img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/ZoteroBib.png" height="350" /> --- ## 1.6.4. GoogleScholar Desde Googlescholar<br> Dale click primero a las comillas y luego elige BibTeX. <img src="https://raw.githubusercontent.com/MiriamLL/Curso_CIAD/main/Figuras/GoogleSchoolarBib.png" height="400" /> --- ## 1.6.5. Citr Para agregar **Addins** se puede instalar el paquete **citr** ```r devtools::install_github("crsh/citr") ``` Este paquete te permite insertar citas de manera dinamica <img src="https://raw.githubusercontent.com/crsh/citr/master/tools/images/addin_demo.gif" height="300" /> --- ## 1.6.6. Apendices La bibliografía aparece al final del documento. Pero agregar apendices o figuras al final del documento es una práctica usual. Para solucionar esto hay que usar ```r # Referencias <div id="refs"></div> # Appendice/Figuras ``` [
Ver otras opciones](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/bibliography.html) --- class: inverse, center, middle # 2. Ejercicios <h1>
</h1> --- ## 2.1. Ejercicios - Agregar texto con inline coding - Crear un archivo bib - Agregar texto con referencia .panelset[ .panel[.panel-name[Texto] Agregar texto con inline coding ```r Tenemos un total de `r nrow(Pingus)` muestras. ``` ] .panel[.panel-name[GoogleScholar] Crear un archivo bib - File>NewFile>Text File - Buscar en [googlescholar](https://scholar.google.com/): Ecological Sexual Dimorphism and Environmental Variability within a Community of Antarctic Penguins (Genus Pygoscelis) - Copiar y pegar texto, guardar como Bibliografia.bib ] .panel[.panel-name[bib] ```r @article{gorman2014ecological, title={Ecological sexual dimorphism and environmental variability within a community of Antarctic penguins (genus Pygoscelis)}, author={Gorman, Kristen B and Williams, Tony D and Fraser, William R}, journal={PloS one}, volume={9}, number={3}, pages={e90081}, year={2014}, publisher={Public Library of Science} } ``` ] .panel[.panel-name[YAML] Agrega en el YAML ```r bibliography: Bibliografia.bib ``` ] .panel[.panel-name[Citar] - Agregar texto ```r Se usaron datos de pinguinos de Adelia (*Pygoscelis adeliae*) para explorar la relacion entre peso y largo de la aleta obtenidos de un estudio con pinguinos en la Antarctica [@gorman2014ecological]<br> ``` - Agregar un titulo de primer nivel en el apartado final que diga **Referencias** - Dale knitr ] ] --- class: inverse, center, middle # Más funcionalidades --- name: tablas ## 3.1. Tablas de contenido Para agregar tablas de contenido, se escribe en el YAML: - **toc: true:** agrega tablas de contenidos - **toc_float:** true: en htmls te permite tener una tabla de contenido flotante (es decir se adapta al espacio del documento) - **number_sections: true:** agrega numeros a las secciones Ejemplo: ```r output: html_document: toc: true toc_float: true number_sections: true ``` **Importante**: tiene que ir indentado (por lo menos dos espacios vacios), y tenemos que agregar dos puntos después de html_document.<br> Ademas tenemos que tener en nuestro texto los títulos con el numeral y un espacio el numeral y el titulo. --- ## 3.2. Listas Se pueden iniciar listas usando astericos *, simbolos de mas +, o menos - Esto: ```r - Elemento de lista - Otro elemento de la lista - Tercer elemento de la lista ``` Se convierte en esto: - Elemento de lista - Otro elemento de la lista - Tercer elemento de la lista --- name: enlaces ## 3.3. Enlaces Para crear enlaces se usa [ ] ( ) - Se pueden crear enlaces dentro del mismo documento ```r [Primera diapositiva](#1. Rmarkdown) ``` [Primera diapositiva](#1. Rmarkdown) - O a paginas de internet ```r [Pagina web](www.miriam-lerma.com) ``` [Pagina web](www.miriam-lerma.com) --- name: ecuaciones ## 3.4. Ecuaciones - Las ecuaciones se escriben con sígno de dólar. Sin espacio entre los signos y la ecuación `\(E = mc^{2}\)` ```r $E = mc^{2}$ ``` - Los sobreindice se escriben con el texto entre (virgulilla) `\(CO~2~\)` ```r $CO~2~$ ``` - Los superindices se escriben con ^ (acento circunflejo) `\(R^{2}\)` ```r $R^{2}$ ``` --- ## 3.5. Otras opciones Help>Markdown Quick Reference [
Cheatsheet](https://rstudio.com/wp-content/uploads/2016/03/rmarkdown-cheatsheet-2.0.pdf?_ga=2.240247812.66492107.1614708075-36514926.1579182721) Acceso rápido desde RStudio al cheatsheet. <img src="https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/46ba24a18406d82a43000fe7a11546f7f145374d/c5692/lesson-images/cheatsheets-2-path.png" height="400" /> --- class: inverse, center, middle # 4. Ejercicios <h1>
</h1> --- ## 4.1. Ejercicios - Agrega una lista - Agrega un enlace - Agrega una tabla de contenido .panelset[ .panel[.panel-name[Lista] Agregar en el texto: ```r Objetivos - Evaluar si la aleta de los pingüinos ayuda a predecir su peso - Evaluar si hay diferencias en los pesos entre hembras y machos ``` **Nota** Cuidado con los espacios ] .panel[.panel-name[Enlace] Agregar en el texto: ```r [Enlace](https://allisonhorst.github.io/palmerpenguins/articles/intro.html) ``` ] .panel[.panel-name[Tabla de contenido] Agregar en el YAML: ```r output: html_document: toc: true toc_float: true number_sections: true ``` ] ] --- name: plantillas class: center, middle, inverse # 5. Plantillas --- ## 5.1. Paquete rticles Exiten varios paquetes con plantillas. Uno de ellos es **rticles**. Para instalar el paquete rticles hay dos opciones ```r install.packages("rticles") remotes::install_github("rstudio/rticles") ``` Para ver plantillas de varias revistas [
Click aqui](https://github.com/rstudio/rticles) --- ## 5.2. Paquete rticles Para usarlo. - Tener instalado la version mas reciente de RStudio - Tener instalado el paquete - Usar un nuevo R Markdown para crear el template File>NewFile>RMarkdown <br> ``` ## Warning in ## knitr::include_graphics("https://camo.githubusercontent.com/1965e9461fb6bd1274c9e65f79e025e8dc8ec6268987b685a56e56ed2c30d3d9/68747470733a2f2f726d61726b646f776e2e7273747564696f2e636f6d2f696d616765732f6e65775f725f6d61726b646f776e2e706e67"): ## It is highly recommended to use relative paths for images. You had absolute ## paths: ## "https://camo.githubusercontent.com/1965e9461fb6bd1274c9e65f79e025e8dc8ec6268987b685a56e56ed2c30d3d9/68747470733a2f2f726d61726b646f776e2e7273747564696f2e636f6d2f696d616765732f6e65775f725f6d61726b646f776e2e706e67" ``` <img src="https://camo.githubusercontent.com/1965e9461fb6bd1274c9e65f79e025e8dc8ec6268987b685a56e56ed2c30d3d9/68747470733a2f2f726d61726b646f776e2e7273747564696f2e636f6d2f696d616765732f6e65775f725f6d61726b646f776e2e706e67" height="400" /> --- ## 5.3. Paquete Papaja El paquete papaja tambien tiene plantillas para escribir articulos. Para instalar ```r devtools::install_github("crsh/papaja") ``` Para usar <br> <img src="https://raw.githubusercontent.com/crsh/papaja/master/inst/images/template_selection.png" height="400" /> --- # 6. Compartir - Opción 1: Compartir todo. Enviar documento Rmd, tal cual y la otra persona puede darle click a las partes grises en el botón verde (siempre y cuando tenga la base de datos) - Opción 2: Compartir instrucciones. Mando el documento Rmd en html y pueden copiar las instrucciones con sus propios datos. - Opción 3: Escribir reportes o artículos. Exportar documentos sin código. - Opción 4: Compartir con opcion a código<br> En el YAML agregar code_folding: hide y esconde el codigo pero te agrega un boton para ver el codigo se ser necesario. --- class: left, inverse # Contacto Recapitulando - [Resultados en el texto](#inline) - [Bibliografía](#csl) - [Tablas de contenido](#tablas) - [Enlaces](#enlaces) - [Ecuaciones](#ecuaciones) - [Plantillas](#plantillas) <br> <br> .right[ Para dudas, comentarios y sugerencias: Escríbeme a miriamjlerma@gmail.com Este material esta accesible y se encuentra en <br> mi [
github](https://github.com/MiriamLL/Curso_CIAD/) y mi [
página](https://www.miriam-lerma.com) <br> <br> .center[ <h3>
[Volver ](https://www.miriam-lerma.com/teaching.html) ]]